Es gibt eine Vielzahl von Möglichkeiten, mit Systemen der Nintendo 3DS-Familie zu spielen. Neben den Steuertasten können Bewegungen und Aktionen auch mit einem stiftförmigen Stylus auf dem Touchscreen oder durch Kippen des Systems gesteuert werden. Über die integrierten Kameras lassen sich Spiele durch Bilder aus der realen Welt bereichern, und auch Sprechen oder Pusten in das Mikrofon kann das Spiel beeinflussen.

New Nintendo 3DS und New Nintendo 3DS XL bieten eine verbesserte Steuerung mit zusätzlichen Eingabemöglichkeiten. Die Steuerungsoptionen wurden um die zusätzlichen Schulterknöpfe ZL und ZR sowie einen C-Stick erweitert. Steuerungsmöglichkeiten, die bisher nur über das separate Schiebepad Pro- oder Schiebepad Pro XL-Zubehör verfügbar waren, wurden in diese Systeme integriert.